Introducción. La pandemia por COVID-19 ha influenciado en el nivel de empatía del personal médico, esta es considerada eje central en la relación médico-paciente, que refleja una mejor competencia clínica. Los internos de medicina están expuestos a una elevada carga laboral, escasa dotación de equipos de protección personal, carencia de vacunas, entre otros factores que podrían afectar los niveles de empatía hacia los pacientes durante la pandemia. Objetivo. Determinar la relación del nivel de empatía y factores asociados en internos de medicina de tres hospitales nacionales, antes y después de seis meses de tener contacto con pacientes diagnosticados con COVID-19. Materiales y métodos. Estudio observacional, descriptivo y longitudinal. Se utilizará una técnica de muestreo por conveniencia que corresponda a los internos del Hospital Nacional Dos de Mayo, Hospital Nacional Maria Auxiliadora y el Hospital Nacional Guillermo Almenara Irigoyen, el año 2021. Se utilizará como instrumento validado la Escala de Empatía Médica de Jefferson (EEMJ) basada en 20 items. Para el análisis de cada variable independiente se usará la prueba T de Student. El ANOVA para correlacionar cada ítem, la función discriminante entre ellos y el valor eigen. El análisis de factores usando el método de extracción de componentes principales y el método Varimax con rotación ortogonal, esperando resultados relacionados a los tres factores ya establecidos en la EEMJ.