La pandemia de la enfermedad del Coronavirus 2019 (COVID-19) inició en diciembre 2019, en Wuhan, China. Esta enfermedad es causada por el Síndrome respiratorio agudo severo coronavirus tipo 2 (SARS-CoV-2). La infección es confirmada con una prueba RT-PCR positivo a SARS-CoV-2; los target de amplificación son las regiones de los genes E, RdRp, N y S. El secuenciamiento de genoma completo es un método utilizado para identificar posibles agentes causantes de alguna enfermedad, analizar diversidad genética e identificar rutas de transmisión, entre otros usos. El secueciamiento del genoma viral es utilizado para analizar las dinámicas de brotes y rutas de transmisión, por lo que es una herramienta útil para reducir la carga de COVID-19. La información generada por este método es valioso en la evaluación de nuevas pruebas diagnosticas, vacunas y tratamientos. La organización sin fines de lucro FIND (Suiza) en colaboración con la Universidad Peruana Cayetano Heredia y el Instituto de Medicina Tropical "Alexander von Humboldt" (Perú), han colectado y almacenado muestras positivas a SARS-CoV-2 a tráves de dos estudios realizados en Perú (SIDISI 202397 y 202704). El objetivo de este estudio es realizar secuenciamiento completo a muestras orofaringeas, nasales o nasofaringeas positivas a SARS-CoV-2, con la finalidad de evaluar nuevos test diagnosticos para COVID-19.

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