La enfermedad causada por Mycobacterium tuberculosis continúa siendo un problema de salud pública en nuestro país y también a nivel mundial, por lo que es importante tener información de su naturaleza clínica así como de las variaciones genéticas presentes en el genoma de la bacteria causante de esta enfermedad, que permitan entender la amplia resistencia de este microorganismo a las diferentes drogas utilizadas en el tratamiento antituberculosis. Del mismo modo, es importante entender las relaciones filogenéticas entre cepas para poder tener conocimiento de la transmisión y propagación de esta enfermedad. En el Perú, son muy pocas las investigaciones que se han realizado en epidemiologia molecular de M. tuberculosis, por lo que se requiere conocer las características genéticas de las cepas resistentes que circulan en nuestro país a fin de afrontar con mayor exactitud este problema de salud pública, ya que frente a una posible reemergencia de la infección por M. tuberculosis surgen preguntas respecto a su adaptación y evolución, principalmente de aquellas cepas que presentan mutaciones que están relacionadas a la resistencia a drogas utilizadas en el tratamiento de esta enfermedad. Por lo tanto, es de extrema importancia la caracterización completa del contenido genómico de las cepas resistentes de M. tuberculosis que circulan en nuestro país para un mejor entendimiento de las causantes genéticas de resistencia a las principales drogas antituberculosis, así como, establecer las relaciones filogenéticas entre dichas cepas.