Una de las características del patógeno M. tuberculosis es su escasa diversidad genética (0,01% del total de genoma)[1]. Esto representa un gran reto para establecer linajes para los estudios de epidemiología, evolución y relación de resistencia entre las cepas de M. tuberculosis. Actualmente se emplean como métodos estándar el MIRU-VNTR (Mycobacterial Interspersed Repetitive Units – Variable Number Tandem Repeat) y Spoligotyping.Ambas metodologías son el “Gold Estándar” para la identificación de linajes. Sin embargo, existen limitaciones en la resolución de algunos linajes de M. tuberculosis. Esto representa una de las mayores dificultades para las investigaciones de M. tuberculosis en salud pública, por lo cual planteamos el uso de herramientas genómicas las cuales brindarán una resolución integral en la genética de M. tuberculosis. El abordaje genómico nos permitirá enfrentar el problema de información genética y brindar información sobre la relación patógeno – hospedero, mecanismos de resistencia, etc. La presente investigación busca determinar la diversidad genómica de Mycobacterium tuberculosis sensibles y drogo resistentes en Perú y su relación con cepas reportadas en otros países, la cual tendrán implicancias en epidemiologia, evolución y migración del microorganismo