La tuberculosis múltidrogo resistente (TB-MDR) representa una gran amenaza para los esfuerzos del control mundial de la TB. El tratamiento durante 9-20 meses requiere el uso de medicamentos que son menos efectivos y más tóxicos que los utilizados con éxito para la TB sensible a los medicamentos. Tanto el diagnóstico de TB-MDR como la identificación de los fármacos a los que una cepa resistente podría ser susceptible de guiar al tratamiento son actualmente muy problemáticos y solo una minoría de pacientes con TB-MDR tiene acceso a una prueba de susceptibilidad a los medicamentos (DST) para guiar la terapia. La resistencia a los medicamentos en Mycobacterium tuberculosis es conferida por mutaciones cromosómicas que se pueden detectar como polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) por PCR. Para algunos medicamentos antituberculosos (por ejemplo, rifampicina), la mayoría de estas mutaciones de SNP son conocidas, pero para otros hay datos escasos o nulos. El secuenciamiento completo del genoma de M. tuberculosis se ha vuelto mucho más accesible en los últimos años: la tecnología está más ampliamente disponible y el costo continúa disminuyendo. En este contexto, es probable que la DST molecular (genotípica) supere finalmente a la DST basada en el cultivo (fenotípica). Un obstáculo clave para este avance es la brecha de conocimiento para las mutaciones que confieren resistencia. Existe heterogeneidad en los genes y SNP conocidos que causan resistencia tanto dentro como entre regiones geográficas, lo que también se aplicará claramente a los que aún no se han descubierto. El consorcio CRyPTIC se formó para generar el conocimiento necesario para superar este obstáculo.