El desarrollo de regímenes cortos, seguros y más efectivos para tuberculosis (TB) activa es una prioridad fundamental de la salud pública. Sin embargo, ensayos clínicos para evaluar nuevos regímenes se ven obstaculizados por la falta de criterios de valoración intermedia fiables en los ensayos clínicos. Los marcadores sustitutos más comúnmente utilizados basados en el cultivo, proporcionan información limitada acerca de la potencial eficacia de un régimen experimental. Además, éstos no miden la raíz causal de los pobres resultados del tratamiento anti-TB, como, por ejemplo, las adaptaciones funcionales de sub-poblaciones de bacilos de M. tuberculosis (Mtb) que les permite ser genéticamente susceptibles pero tolerantes a las drogas y sobrevivir a ciclos completos de quimioterapia. La comprensión limitada del impacto de las drogas sobre la fisiología del patógeno de la TB en vivo ha obstaculizado el desarrollo de un régimen efectivo de corta duración que logre la cura duradera. En consecuencia, se necesitan nuevos planteamientos para identificar y erradicar a esta población “persistente”.