Nuestro primer objetivo es identificar pacientes con respuestas clínicas subóptimas al tratamiento de TB (SCRT), comparar estas respuestas con las obtenidas a través de ensayos de crecimiento in vitro convencionales e identificar los determinantes genéticos MTB de SCRT. Cuando encontremos discrepancias entre la respuesta clínica y microbiológica al tratamiento, exploraremos la naturaleza de estas diferencias evaluando el crecimiento de MTB y la respuesta a los antibióticos en diferentes tipos de medios y mediante el perfil transcripcional de MTB. Para este objetivo, esperamos identificar mutaciones novedosas y firmas transcripcionales asociadas con fenotipos de tolerancia y / o resistencia a fármacos. Nuestro segundo objetivo es identificar mutaciones MTB o firmas transcripcionales asociadas con la capacidad de cultivo diferencial en medios que suministran diferentes fuentes de carbono. Con base en los datos preliminares, esperamos identificar cepas de MTB que puedan crecer en medios basados en lípidos, pero no en glicerol y viceversa. Para este objetivo, aprovecharemos el trabajo microbiológico que describimos para el Objetivo 1 para obtener ADN de cepas de cultivo diferencial y para realizar un GWAS de este fenotipo. Para abordar ambos objetivos, llevaremos a cabo un estudio longitudinal, en el que se enrolaran pacientes con tuberculosis a quienes seguiremos para recopilar los resultados del tratamiento medidos por criterios clínicos. Emplearemos un panel de evaluaciones clínicas diseñadas para medir la función pulmonar, la respuesta inflamatoria y los síntomas respiratorios, todo lo cual esperamos mejorar durante los primeros dos meses de tratamiento eficaz contra la tuberculosis. Para ambos objetivos, utilizaremos un diseño de control de caso anidado. Para el Objetivo 1, compararemos cada "caso" SCRT con un "control" que se asemeje al caso en términos de factores de riesgo conocidos del huésped para los malos resultados del tratamiento. Para el Objetivo 2, se unirá a cada paciente de TB con cultivo negativo con uno con cultivo positivo. Tenga en cuenta que los casos y controles para cada objetivo se seleccionarán de forma independiente. Usando la secuenciación del genoma completo (WGS) de los aislados de MTB de los pacientes, realizaremos un GWAS para determinar los loci genéticos asociados con la respuesta al tratamiento y la capacidad de cultivo.